SUPER ROBOT WARS Y จะมาท้าทายบรรดาผู้พิทักษ์เลือดเหล็กให้ลุกขึ้นยืนสู้กับชะตา นอกจากตัวละครระดับออลสตาร์ และอนิเมชันที่อัดแน่นไปด้วยแอ็กชันแล้ว ยังมีระบบอัปเกรดและปรับแต่งยูนิตและนักบิน ที่สำคัญคือเรื่องราวของเกมที่ชวนติดตามและผสมผสานจักรวาลของอนิเมหลายเรื่องไว้ด้วยกัน ในการต่อสู้เพื่อกำหนดชะตาโลกครั้งนี้ ผู้เล่นจะได้ออกคำสั่งกองทัพหุ่นเหล็กในสนามรบแบบตาราง และใช้อาวุธกับความสามารถเพื่อทำลายศัตรู
SUPER ROBOT WARS Y นำเสนอระบบ Assist Link ที่จะให้บางตัวละครร่วมการต่อสู้ในฐานะของ Assist Crew ผู้เล่นจะได้ใช้งาน Assist Commands เพื่อฟื้นฟู HP และ EN เสริมพลังโจมตีของยูนิตและอีกมากมาย บรรดา Assist Crew จะได้รับค่า XP จากการใช้งานแต่ละครั้ง และเลเวลอัปเพื่อปลดล็อกหรือเสริมความสามารถแพสซีฟเพื่อให้คุณครองสนามรบได้
